内政官员可以连续任三届，每届四年。每四年由元老院选举一次，选出首席元老，称“首相”，有权任命六部官员。
户部，管理财政支出、预算、拨款和户籍，钱粮。户部下设粮米司，盐司，铁司，海关司，户籍司，赋司，税务司。
吏部，管理官员任免、选民登记、爵位管理；
工部，管理政府工程，技术研制，水利，建筑，军工技术。工部下设军工司，河道司，建筑司，开发司；
兵部，管理军队后勤工作及军饷发放，退役军人安置；
礼部，管理教育、学生、教师、科举和朝廷礼仪；
商部，管理工匠、矿业、工商和税收，下设百工司，管理工匠，矿业司，商务司，税务司。
因为三权分立的原因，苏游所提出的六部把历代的三省六部制中的刑部剔除，却加上了商部。
商部设为六部之一，可以让发展商业的声音响亮一些，以确保云中国大力发展商业的政策实施。
另外，在司法上设立大司刑这一官职，由城主直接任命，主管刑事司法，同时各地治安人员，监狱系统都归大司刑管理，地方官员不再有刑事与民事审判权，这些刑事与民事审判官员均由大司刑在律法考核合格人员中任命。
人口少的地方不设专职法官，由上级部门派出巡回法官，每月定期巡回开庭，在未开庭期间犯人由地方监狱收押。所有的审判必须有三位以上公民参加裁决（称陪审官），裁决的结果必须由陪审官做出。
所有公民通过律法考核合格，都可申请当陪审官。
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