后来为了赎罪，阿泰尔接受了九个任务，去刺杀九个目标人物。
杀完所有的目标人物后，阿泰尔发现自己的导师阿尔莫林竟然是刺客组织的叛徒，最后他杀死了阿尔莫林成为新的导师，将兄弟会带到了新高度。
一代的故事剧情十分简单，九个任务也比较冗长。
但一代并不是毫无用处，它揭示了“金苹果”的威力，埋下伏笔。
并且引出了一个新的概念：现代刺客组织和圣殿骑士。
因为整个一代游戏都是发展到现在的圣殿骑士组织，绑架了阿泰尔的后代——好几部游戏的真正主角“戴斯蒙德”。
圣殿骑士利用一种叫做Animus的机器，读取了戴斯蒙德隐藏在DNA中的祖先记忆。
他们想要找到金苹果，所以才让戴斯蒙德在梦境中完成上面所有剧情内容的回顾。
池闻决定改变一下游戏结构，删除掉一代那些冗长的内容。
把一代的部分内容融合到第二部里去。
“……呼，又是一个大工程啊。”
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