秘书院当然是赵瀚的秘书机构，有三大秘书头子，下面还有一些文职人员。他们只对赵瀚负责，但不能插手各司事务，跟大明内阁有本质区别。
古代已经有秘书这个词汇，赵瀚也懒得用掌书之称，直接改为秘书。
吏选司，相当于吏部，由庞春来执掌。
政务司，以前是李邦华执掌，现在提拔庐陵知县黄顺甫，担任政务司司长。
宣教司，相当于礼部，由陈茂生执掌。
财务司，相当于大明的督仓，由费纯执掌。
军务司，相当于兵部，由李邦华执掌。
刑名司，相当于刑部，提拔安福知县左孝良，担任刑名司司长。
廉政司，相当于都察院，由萧焕执掌。
工务司，相当于工部，由宋应星执掌。
兵事院，相当于五军都督府，由费如鹤执掌。
至于田有年，担任军务司下辖军备局主事。
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