崇祯十二年，1639年，鉴于葡萄牙人在日本传教引起的日本内部不稳，日本幕府决定一劳永逸把葡萄牙人全都驱逐出去，以免他们勾结心怀不满的无主浪人掀起新的叛乱。
1639年8月底葡萄牙人到达长崎时，他们被阻止卸货和交易，然后官方告知了驱逐令。
1640年，葡萄牙人不顾禁令派遣特使前往长崎，使节团中61人被处斩以示警告，船只被烧毁，剩下的13人被遣回澳门带回发生的消息。
葡萄牙人与日本的贸易，这个时代最赚钱的贸易，走到了尽头。
崇祯十三年，1640年6月，一支由1400名荷兰将士组成的远征军开抵马六甲，与一支规模相当的由柔佛王国派来的同盟军会合，包围了马六甲，经过6个月的战斗，葡萄牙人虽英勇抵抗，但一年后即1641年1月14日马六甲城及要塞终于被荷兰军队攻克。
荷兰人占领了印度洋和太平洋的通道马六甲以后，一部分富有的葡萄牙人，特别是葡萄牙的神职人员全部选择离开，他们最后大部分都去了葡属印度果阿和大明。只有极少葡萄牙人与马来人结婚所生的混血儿后裔选择留下。
而由于濠镜(澳门)中国天主教会会长阳玛诺的极力推荐，大量的葡萄牙神职人员来到了大明，他们中的大多数人，都来到了河南和陕西的学堂，担任教师。
葡萄牙的海外殖民地，一再被荷兰人夺取，可即便如此，荷兰人也没有放过葡萄牙人。印度洋上，他们每年在果阿的港口外面，拦截从里斯本到果阿之间航行的船只，也使得过去两三年来，没有一艘武装商船能够离开果阿，前往葡萄牙。
荷兰人与葡萄牙人之间持久的冲突，使葡萄牙人在亚洲蒙受了毁灭性的灾难，殖民地纷纷被夺去，贸易被中断，财富大幅减少，葡属印度的繁荣已成为光荣的过去。
在亚洲，葡萄牙也仅剩下澳门和果阿几块有限的地方能够从事贸易，而且繁荣不再。
至于濠镜(澳门)，葡萄牙人会在那里居留，不过，这不是东方古国的退让，而是她的仁慈。王泰或许是感恩于葡萄牙人带来了自然科学的传播，而对葡萄牙人高看一眼。葡萄牙人应该为自己对东方的善意表示感激。
而且，以洛佩斯对王泰的了解，他感觉得到，王泰对荷兰人，包括西班牙人，都没有什么好感。
这或许是他可以利用，葡萄牙可以和大明合作的原因。
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