暗部由火影直属，部队底下设多个分队，由分队长统一传达命令和领导执行任务。
宇智波止水现在就是成员之一，但是还没有成为分队长，想要成为分队长至少有多个S级任务功绩或者强大的实力，至少要到达上忍水平才行，精英上忍甚至能够直接晋升。
不过这个战斗力测量都归日向田野管，顺便一提，日向田野并非是暗部的人，而是另一个部门的老大。
现在暗部的老大是李罗大人。
所以说，现在这场考验对于宇智波鼬来说可能只有测试他们的实力仅仅是对于宇智波家族的地位来说。
但是对于宇智波止水来说这很可能还是看看他在暗部的位置是否能够再次晋升的机会。
第二个部门就是根。
又称“暗部培训部门”，是指所谓的暗部特别机动部队，直接隶属于木叶元老志村团藏的独立组织，即不受火影的管制，也不受暗部所管辖，制服是白色或黑色披风。
不过因为志村团藏已死，这个部门就交给大蛇丸管理了。
第三个是行政部，辅助火影管理木叶政务的机构，其最高长官是作为原三代火影顾问的水户门炎和转寝小春两位老师，他们的地位相当于村中的长老，行政部的存在也是木叶的立法形式之一。
一来是为了辅助火影工作给于一些正确性的意见，二来是作为火之国与木叶的桥梁，传达国家的信息，及接受国家所拨给村子的财政支出，同时也向大名反应村子的一些状况和形势。
李罗担任副部长，部长是火之国大名贝塔派来的一名特别上忍。
第四个是医疗部。
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